Bakpia Pathok pertama kali diproduksi di kawasan Pathok pada tahun 1948.Di wilayah ini banyak pengusaha bakpia yang bermunculan dan sekarang merupakan sentra industri bakpia di Kota Jogja. Inilah asal mula dinamakan bakpia pathok.

Pertama kali bakpia dikemas eceran dengan pembungkus besek (wadah dari anyaman bambu) dan peminat bakpia masih sangat sedikit. Seiring waktu, bakpia mulai dikenal masyarakat luas dan pada tahun 1992 bakpia pathok semakin terkenal. Isian bakpia pun hanya terbataskacang hijau. Tetapi sekarang telah bervariasi,misalnya coklat,durian,nanas dan keju.

Nama bakpia pathok sendiri tidak mempunyai penamaan khusus. Mungkin anda mengenal bakpia pathok 25 atau 75. Penamaan merk bakpia itu berdasarkan nomor rumah yang membuka usaha pembuatan bakpia. Kini penamaan bakpia pathok tidak terpancang pada nomor rumah di kawasan Pathok karena semakin banyak usaha pembuatan bakpia yang berkembang di Jogja. Walaupun demikian bakpia pathok Yogyakarta tetap menjadi makanan khas Jogja dan oleh-oleh yang harus anda bawa ketika anda pergi ke Kota Jogja.Tidak lengkap rasanya jika anda berwisata ke Jogja tanpa mencicipi nikmatnya Bakpia Pathok khas Yogyakarta ini.